Родителите на св.Иларион биле видни и благочестиви луѓе. Тие уште како мал го дале да ги учи свештените книги. Кога наполнил осумнаест години, Иларион ги оставил родителите и заминал во манастир. По многу години поминати таму, игуменот пред својата смрт нему му го предал старешинството на манастирот. Така тој поминал многу години, добро раководејќи го монашкото братство.
Но, Господ не го оставил да управува само со манастирот, туку посакал со него да го украси архијерејскиот престол. Пресвета Богородица се јавила на архиепископот Евстатиј во град Охрид и му рекла: „Не одложувај архиепископе, туку постави го светилото на свеќник. Велам – земи го Иларион, настојателот на манастирот и постави го за пастир на мегленци. Зашто ќе одврати многумина од соблазната и ќе ги насочи кон светлината на благоразумноста.” Во 1134 г. охридскиот архиепископ Евстатиј го поставил Иларион за епископ на мегленската епархија, во средна Македонија, со која управувал наредните 30 години, до својата смрт.
Во Меглен во XII век живееле многу следбеници на богомилското, павликијанското и манихејското учење, кои од црквата се осудени како ереси. По смртта на македонскиот цар Самуил, Меглен во 1015 г. го зазел византискиот цар Василиј II и таму населил многу Сиријци, Ермени и Печенези.
Иларион по стапувањето на чело на мегленската епархија веднаш започнал отворена борба со еретиците, како што е опишано во житието на свети Иларион од трновскиот патријарх Евтимиј (1375-1417).
Кога Иларион дошол во соборната црква во Меглен, веднаш ги целивал иконите кои богомилите и други иконоборци не ги почитувале. Потоа, во својата беседа го повикал населението да ја држи православната вера; да ги извршуваат Господовите заповеди; да го следат само она што им е заповедано на православните и да бегаат од секоја ерес. Да веруваат во неразделната Света Троица (некои христијани веруваа дека Бог и Христос суштински се различни), во Христовото воплотување и во Животворниот Крст (кого некои христијани го сметаа за омразено орудие со кое Исус бил убиен). Да ги почитуваат светите мошти на Светителите (што некои го сметале за суеверие). Да ги држат сите преданија на Црквата (богомилите многу црковни преданија ги сметале за отстапување од изворното христијанство), а да ги колнат сите еретици (кои многу жители на Меглен ги почитувале): Ариј и Евномиј, Савелиј и Македониј, Аполинариј и Ориген и нивните списи, Теодор Мопсуестиски и Несториј – неговиот ученик, Диоскор и Севир и Евстатиј и сличните со нив, и уште Маниј и Павле Самосатски, и од сета душа да се гнасат од нив и од нивното учење.
Набргу Иларион согледа дека голем дел од народот е наклонет кон манихејското, ерменското (монофизитското) и богомилското учење. И многу неистомисленици сакаа да водат расправи со него за верувањето.
Еден ден богомилите со Иларион поведоа расправа за верата. Тие го прашаа: „Ние сметаме дека добриот Бог е творец на небото, а злиот (бог) – творец на земјата. Зошто вие се противите на тоа?” Иларион им одговори: „Во Светото Писмо пишува: Господова е земјата и сѐ што е на неа.” Богомилите рекоа дека Стариот Завет е од ѓаволот. На тоа Иларион одговори: „Кога Стариот Завет би бил од ѓаволот, зарем Христос би рекол дека прва и најголема заповед е: „Чуј Израилу, Господ е единствениот твој Бог.”
Богомилите тогаш негодуваа заради крстот кого го сметаа за омразена направа за мачење со која Исус е убиен, а кого православните го почитуваа. Иларион им одговори дека пред распнувањето на Христа, крстот беше орудие на смртта и како таков – проколнат, а по распнувањето – тој е осветен со Христовата крв и Неговиот знак стана осветување на сите верни.
По многу различни аргументи, на кои Иларион одговараше со цитати од Светото писмо, тој најпосле ја заврши расправата со повик собраните да се крстат: „Согледајте ја темнината во која се наоѓате, оставете ја суетата и лагата, познајте ја Вистината и осветлете се со нејзината светлина. Пристапете затоа во Соборната Црква и примете крштение од Светиот Дух за отпуштање на гревовите.” Многу присутни веднаш беа крстени, и откако се откажаа од својата претходна вера, пристапија во Соборната Црква.
Кога го видоа покрстувањето на својот народ, нивните старешини се исполнија со гнев, па почнаа да го навредуваат Иларион и го нарекуваа лажливец и измамник. А, Иларион го нарече нивното учење зло, безбожно, хулно и безумно. Еретиците разгневени зграбија камења в раце и немилосрдно го каменуваа Иларион додека тој не падна на земја, па мислејќи дека е мртов – го оставија.
Кога Иларион се освести, стана и отиде во својата келија, зашто местото на кое го каменуваа беше далеку од градот. Кога дознаа за ова недело, собор православни луѓе еднодушно одлучија да ги нападнат еретиците и до крај да ги истребат. Но, Иларион им го забрани тоа, говорејќи: „Не, деца мои, не – туку паметете ги Господовите зборови кажани на Петар: „Врати го својот меч во корицата, зашто секој што меч зема, од меч и ќе загине.” А кога закрепна од добиените рани, Иларион продолжи да држи беседи и да ги крштева еретиците, воведувајќи ги во Соборната Црква.
Друг пат повторно некои дојдоа кај Иларион, говорејќи дека и тие православно мислат и дека ги држат сите црковни преданија. На нив Иларион им одговори: „Соборната Вселенска Црква сѐ добро примила од очевидците на Божјиот Син – светите Апостоли и сѐ што ѝ е предадено таа неколебливо го држи до денес. Тоа и вие Ермените сте го држеле до Четвртиот Вселенски Собор во Халкидон. Од тогаш сте се одделиле од Соборната Црква.” Тогаш некои од собраните христјани му напомнаа на Иларион дека православната Црква многу Христови преданија изменила и дека многу обичаи не се како некогаш.
Иларион на тоа им одговори: „Затоа што Христос многу нешта поинаку ги предал, а Апостолите и наследниците направиле тие работи да се вршат поинаку, бидејќи верата се ширеше и тие ги распространуваа Христовите тајни.
Така, на пример, кога Христос требало да се крсти – не се свртел на запад, ниту со зборови се одрекувал од сатаната, ниту го изговорил Символот на верата, ниту имало потреба од молитвата при крштевањето, ниту се крстил во крстилница, ниту со миро бил помазан, ниту веднаш по крштението се причестил со Господовото тело и Неговата крв, а ние сега сето тоа го правиме. Или пак, Христос не ја предал причеста по црквите, туку во заедничка соба на општа трпеза, а не бил ни облечен во свештенички одежди, ниту ги изговарал молитвите на нашето свештенодејство, а ние и служби вршиме во црквите и стоиме облечени во архиерејска одежда, зашто сакаме чинот на службата да го направиме поубав и пречесен.”
Византискиот император Мануил I Комнин го почитуваше епископ Иларион, му испраќаше различни дарови и друго што му беше потребно. Иларион придонесе меѓу еретиците да настанат спорови и препирки секој ден, зашто едни ги фалеа неговите зборови, а други ја бранеа својата вера.
И сѐ повеќе павликијани и богомили ја прифаќаа Православната вера. Гледајќи како се одвиваат работите, императорот Мануил беше многу задоволен и му напиша писмо на Иларион; целата богомилска ерес до крај да ја очисти од христијанското стадо, сите што ќе се покорат на догматите да бидат примени, а оние што не ќе се покорат – да се прогонат некаде далеку. И многу луѓе, кога го слушнаа тоа, од страв пристапија во Православната црква. А Иларион на местото каде што порано се собираа еретиците со своите монаси изгради црква во име на славните Апостоли. И многу следбеници на богомилското учење приброи кон православното стадо, а оние кои останаа непокорни на разни начини беа истерани и прогонети.
Пред својата смрт Иларион ги повика сите монаси и ги поучи да престојуваат во покорност и љубов, цврсто држејќи го предаденото правило. За старешина го постави Петар, кој му беше ученик на Иларион многу години и во секоја работа долго му служеше. Иларион се упокои на 21 октомври 1164 г.
Кога помина некое време, некои од монасите во општожитието почнаа да ги пренебрегнуваат правилата установени од Иларион. Тие почна да му се противат на игуменот Петар и правеа раздори и ереси. Игуменот ги укоруваше, но тие останаа непокорни. А тогаш, една ноќ во манастирот беа пребиени многу монаси кои му се противеа на игуменот Петар, а некои и убиени на спиење. Кога другите монаси утредента видоа што се случило, сите ги опфати страв и од тогаш ги пазеа неизменети сите манастирски правила. А оние што таа ноќ беа ранети од биење, останаа болни многу денови.
Потоа почна да се зборува дека сето тоа го направил свети Иларион, кој во сон им се јавил на непокорните монаси, зборувајќи им со негодување; некои од нив со својот епископски жезол немилостиво ги изударал, а некои и ги усмртил, за да не ги затрујат и другите монаси со своето учење.
Со текот на времето воената моќ на Византиската империја ослабнувала, а границите на Бугарското царство се ширеле. Цар Калојан освоил многу области од византиската територија: Тракија и Македонија, Тривалија и Далмација, Неада, Елада и Етолија, а го зазел и градот Меглен. Таму тој го нашол гробот со моштите на св. Иларион и слушал колку многу чуда и знаменија Бог врши преку нив. Потоа царот, побуден од благочестива ревност, посакал моштите на светецот да бидат пренесени во престолнината Трново и ги зел со себе. Штом разбрал за пристигнувањето на таа безценета ризница, Трновскиот патријарх излегол заедно со епископите и со целиот црковен клир да ги пречека со свеќи и благомирисно кадило, а заедно со него излегле и велможите и сите жители на градот. Откако со љубов се поклониле на моштите на Христовиот архиереј, ги положиле во една од црквите на градот. Тоа се случило на 21 октомври 1206 г.
По извесно време се зацарил Иван Асен II, кој уште повеќе ги раширил границите на Бугарското царство. Во спомен на својата победа во денот на светите 40 Маченици тој изградил во Трново голема црква во нивно име и ги положил во неа честните мошти на Христовиот светител Иларион. Во таа црква тие се наоѓале до времето на турското ропство. При турската наезда од крајот на XIV век, благочестиви христијани од престолнината ги сокриле во некакво подземје, каде тие долго престојувале. Наскоро потоа, грчки свштеници ги пронашле светите мошти и тајно ги пренеле во Цариград. Сега не е познато каде се моштите на свети Иларион.
